真菌檢驗基本上可分為培養技術和非培養技術兩大類。非培養技術又分為顯微鏡檢查技術、生化免疫檢查技術和分子生物學技術。前者是直接觀察真菌形態，其中組織病理學檢查為侵襲性真菌感染診斷的金標準；后者是檢測真菌的抗原、抗體和核酸。這些技術的綜合使用可大大地提高侵襲性真菌感染診斷的準確性。

常見真菌檢驗技術

其中直接檢查、分離培養和病理組織檢驗為傳統的檢驗方法。而血清學真菌抗原抗體檢查以及真菌核酸檢測均為近些年發展起來的新技術、新方法，這些新方法不需要對標本中真菌進行培養，從而檢測周期短、檢測方法簡便，越來越受到臨床的歡迎。

1、真菌顯微鏡檢查
顯微鏡檢查是重要、基本的檢查方法。發現真菌的有形成分如菌絲、假菌絲或較多孢子往往提示真菌感染，臨床上具有診斷價值。但是，見到菌絲孢子并不能確定真菌的種類。直接鏡檢對于淺表和皮下真菌感染有幫助。陽性結果可確定真菌感染，而陰性結果不能排除診斷，主要原因與取材是否合格，標本處理是否得當有關，1次取材直接涂片法的漏診率高達45%。如果在無菌體液中發現真菌成分常可確定診斷，但在有菌部位則只有發現大量菌絲才有診斷意義。通過直接鏡檢一般可區分念珠菌、隱球菌和毛霉菌等，但進一步明確菌種需要通過培養鑒定來完成。

2、分離培養與鑒定技術
目前引起深部真菌病的主要為念珠菌、曲霉菌和新型隱球菌，如分離出新型隱球菌、紅色毛廯菌等致病菌時診斷可以確定，而分離出條件致病菌如白念珠菌或煙曲霉，應結合臨床進行判斷，而對于孢子絲菌取膿液、組織塊作真菌培養，鑒定菌種即可確診。
無菌標本如血液、腦脊液和腹水分離出的條件致病菌常提示明確的感染，但來自痰、咽拭子、膿液以及尿標本分離出的條件致病菌則應慎重解釋結果。任何一株培養結果都不能輕易視為污染。
標本直接鏡檢的結果往往可以解釋培養的菌種，應強調直接鏡檢與培養檢查相結合的重要性。

3、組織病理學
組織病理學檢查是侵襲性真菌病診斷的金標準。通過組織病理學檢查可確定真菌的種、屬，如隱球菌、念珠菌、曲霉、著色真菌等。如用特殊染色可提高陽性率。但確切的菌種還需要真菌培養確定，二者相互補充。

真菌在組織內一般表現為:
孢子：酵母和雙相型真菌在組織內表現為孢子；
菌絲：許多真菌在組織中只表現為菌絲。組織中發現無色分隔、分支的菌絲多為念珠菌和曲霉。粗大、不分隔、少分支的菌絲為接合菌，多為毛霉、根霉、犁頭霉等。粗大、少分支、有隔的菌絲為蛙類真菌。棕色菌絲為暗色絲孢霉病，由暗色孢科真菌引起；

菌絲和孢子主要見于念珠菌感染；
顆粒為組織內有菌絲形成的團塊；
球囊獲內孢囊球囊內含有內孢子，為球孢子菌或鼻孢子菌在組織內的特征性結構。

4、真菌非培養檢驗技術
真菌非培養檢驗技術既是一門傳統的技術，也是一門新興的技術。就傳統而言，顯微鏡直接檢查和組織切片檢查都屬于此類，而有關真菌結構或抗原檢查、抗體檢查和核酸檢查則屬于后一類。例如，現在應用廣泛，并已經作為侵襲性真菌感染診斷標準的G試驗、GM試驗以及隱球菌抗原檢查均屬于新興的真菌檢驗的非培養技術。其中G試驗和GM試驗具有代表