微生物研究的你，這些數據庫怎可以不知道？
微生物的基因組序列被研究的越來越多，當我們得到菌株的基因組序列后，我們該怎樣進行分析研究？通常我們會通過NCBI、KEGG等公共數據庫來進行基因組的注釋分析，但有時你會發現分析結果沒有針對性，想要研究卻無從下手。這時我們不妨換個專有數據庫來試試，或許能得到不一樣的結果，從而踏上“不一樣”的科研之路，發更高分的文章。下面就讓小編來介紹幾個微生物專有數據庫供大家參考。
1.Isfinder (the reference centre for bacterial insertion sequences)
Isfinder是一個用于查詢細菌插入序列的專用數據庫。細菌中外來的插入序列通常會攜帶一些抗性或致病性基因，有了這個數據庫，能夠更快速了解研究菌株與參考菌株表型不一致的原因。
網址：
2.HGT-DB (Horizo
HGT-DB是一個預測水平轉移基因的數據庫，功能與Isfinder 類似，但其預測范圍不僅包括外來插入序列，還包括噬菌體前體、單位轉座子等基因信息。但該數據庫目前只包含94個細菌和古菌的完整基因組的序列分析，其預測結果可能具有一定的局限性。
網址：
http://usuaris.tinet.cat/debb/HGT/welcomeOLD.html
3.VFDB (Virulence factors Databa
VFDB是一個病原菌毒力因子數據庫。該數據庫是由醫學科學院研發，目前收集了包括30個屬（74個病原菌）的細菌基因序列信息，并提供對應的500多種毒力基因核酸和蛋白質序列信息。從事這方面研究的小伙伴不要錯過喲。
網址：
http://www.mgc.ac.cn/VFs/main.htm
4.PHI (Pathogen Host Interactions)
PHI是病原與宿主互作數據庫。該數據庫收錄的都是被實驗證實的具有毒力和效應基因的細菌、卵菌、真菌，宿主包括動物、植物和真菌。在這個數據庫里，不僅可通過相關序列、基因名和病原菌名稱，還可以按宿主和疾病名稱來檢索相關信息。
網址：
5.EffectiveDB (Prediction of bacterial protein secretion)
EffectiveDB是一個細菌中分泌蛋白的比對分析數據庫。其數據來源于EggNOG 4.0以及NCBI兩個數據庫，包含了近1800個細菌的的分泌蛋白信息，可以有效地鑒定出基因組中分泌蛋白信息。
網址：
6.CARD (The Comprehensive Antibiotic Resistance Databa
CARD是抗性基因數據庫，是一個集合了抗藥基因包括抗生素的數據庫。通過序列同源性的比對就可以得到相應的抗性基因注釋結果，能夠看到基因的抗性類型、機制等信息。同時該數據庫還提供畫圖功能，實用。
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7.HPIDB3.0 (Host-Pathogen Interaction Databa
HPIDB 3.0是病原菌與宿主互作數據庫。該數據庫目前收錄了62782組蛋白互作關系，包括66個宿主（其中99%的宿主為動物）和653個病原菌。
網址：
http://www.agba
以上就是小編本期想要分享給大家的全部內容，希望對各位有所幫助。這些都是進行微生物研究必備工具哦，趕緊收藏~
