新方法可以更好地理解基因增強子的工作
RIKEN綜合醫學科學中心和分子生物學FIRC研究中心(IFOM)的科學家與京都大學，卡羅林斯卡研究所和DNAFORM的合作者一起，開發了一種新技術NET-CAGE來闡明一種類型的結構基因組的非編碼部分稱為增強子，其功能是激活特定基因。基因組的這些部分曾經被認為是不重要的，被稱為“垃圾DNA”，現在已知與多種疾病有關，了解其功能已成為基因組研究的重要目標。
現在已知有兩種類型的基因組區域，稱為啟動子和增強子，它們主要通過開啟來協調蛋白質編碼基因的激活。啟動子位于它們激活的基因旁邊，而增強子位于很遠的地方，但是它們也以某種方式作用于基因。已經開發了多種技術來嘗試繪制增強子的圖譜，但是它們都具有局限性，要么缺乏識別的敏感性，要么無法精que定位區域的位置，要么不適用于冷凍細胞。
為了克服這些局限性，研究人員開發了一種稱為NET-CAGE的方法，該方法是RIKEN開發的CAGE技術的擴展，用于以高靈敏度識別基因組的非編碼區，并用于檢查五種常見的癌癥類型細胞系。他們很高興發現該方法可用于冷凍保存的細胞。
使用新方法，研究人員在增強劑方面取得了一系列有趣的發現。先，他們確定了多達20,000種新的人類增強劑。他們發現，雖然啟動子在多種細胞類型中均被激活，但增強子往往僅在一種細胞類型中起作用，因此顯示出兩種類型區域之間的重要區別。他們還發現了兩種類型區域之間的有趣聯系，表明它們根據其細胞類型特異性在拓撲結構上相互聯系。此外，他們還以高核苷酸分辨率在稱為“超級增強劑”的簇區域內精que定位了活性增強劑的確切位置。
RIKEN IMS的研究小組負責人RIKEN IMS的Yasuhiro Murakawa說道：“我們發現增強子在產生特定于細胞類型的轉錄組中起著至關重要的作用。這項研究開發的新方法可用于研究從生物學的許多方面來看，從長遠來看，該方法可以應用于下一代基因組醫學。”
他繼續說：“使用這項技術，我們正在繪制增強劑在人體內激活的綜合圖。通過將知識與有關疾病和癌癥基因組學數據的突變數據相結合，我們希望加深對癌癥發生機理的理解。疾病“。
